사립대학들이 대학 재정의 합리적 운용과 회계의 투명성을 높이기 위해 실시하는 '자체 감사'가 사실상 유명무실다는 지적이 나오고 있다.

교육계에 따르면 학교법인은 이사회에 2인 이상의 감사를 둬야 한다. 감사는 법인의 재산상황과 회계, 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항을 감사하고 부정 또는 불미한 점을 발견되면 이를 이사회나 관할청에 보고해야 한다. 즉, 감사의 역할이 정상적으로 이뤄지면 대학운영의 투명성 확보에 큰 역할을 하게 된다.

하지만 내부감사가 형식적으로 진행된다는 것이 교육계의 중론이다. 2012년 기준 학교법인이 교수·직원들의 법정부담금을 제대로 부담하지 않은 대학이 110개교에 달한다. 또 법인이 의무적으로 보유해야 하는 수익용 기본재산을 법정 기준만큼 확보하지 않은 법인도 120곳에 달한다.

자체감사에서 법정부담금 부족과 관련한 내용을 지적한 대학은 3개교에 불과하다. 또 내부감사에서 수익용 기본재산 법정기준 미확보가 문제가 된 학교는 한 곳도 없었다.

교육계에서는 이같은 결과의 원인을 '독립성 부족'에서 찾고 있다. 2005년 사립학교법 개정으로 학교법인이 선임해야 할 2인 이상의 감사 중 1인은 대학평의원회에서 추천하는 자를 선임토록 했다.

문제는 2007년 사립학교법이 재개정되면서 발생했다. 법인의 입김이 미치기 어려운 대학평의원회가 가지고 있던 감사 추천권이 개방이사추천위원회로 넘어갔기 때문이다. 그나마 감사의 독립성 확보를 위해 취해졌던 조치가 무력화된 것이다.

내부감사의 독립성에 대한 논란은 오래 전부터 제기되어왔다. 그 대안으로 도입된 제도가 공인회계사나 회계법인이 재단과 학교를 감사하는 외부감사 제도다.

그러나 외부감사는 체계적이고 구체적인 법령이나 회계감사 기준 등의 부족으로 한계를 드러내고 있다. 2011년 '대학 등록금 책정 및 재정운용 실태' 감사를 실시했던 감사원은 보고서에서 감사결과 공시 의무, 부실감사에 대한 손해배상책임 등 '외부감사' 관련 제도의 미비를 지적하기도 했다.

실제로 K대학의 경우 사학진흥재단은 이 대학이 3건의 회계처리규칙위반을 했다고 판단했지만 외부감사보고서는 이를 지적하지 않았다.

M대학의 경우도 2014년 교육부 종합감사에서 지적된 문제가 한 건도 외부감사보고서에서는 지적되지 않았다.

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