코스닥상장사가 위장거래 의혹으로 3억원대 세금을 부과 받자 소송을 제기해 일부 승소했다. 거래업체의 위장 사실을 알지 못한 것에 과실이 없다는 이유이다.

15일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정합의2부(신명희 부장판사)는 탄산리튬제조업체 A사가 서울 도봉세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송에서 원고 일부 승소 판결했다. 재판부는 세무서가 원고에게 부과한 3억4000만원의 세금 중 2억7000만원을 취소하라고 주문했다.

코스닥 상장사인 A사는 2019년 한 업체를 흡수 합병했다. 이 업체는 휴대폰 충전기와 거치대 등 거래명목(B사·C사·D사)으로 공급가액 7억3000만원, 5억1000만원, 4억5200만원의 세금계산서를 받아 2015년 2기 및 2016년 1기 부가가치세액(1억6940만원)을 매입세액으로 공제한 뒤 확정신고를 했다.

세무당국은 2020년 8~11월 A회사에 대한 세무조사를 실시한 결과 각 세금계산서가 재화 공급 없는 일명 '위장거래'의 가공세금계산서로 보고 3억5000만원이 넘는 부가세를 경정·고지했다. 이에 불복한 A사는 부가세 부과처분을 취소해달라며 소송을 제기했다.

A사는 소송에서 휴대폰 관련 거래가 실거래이고, 설령 사실과 다른 세금계산서에 해당하더라도 위장거래를 알지 못해 과실이 없다고 주장했다.

반면 세무당국은 실물 거래가 존재했다 하더라도 '자료상'으로 확정된 B·C사가 실제 공급자는 될 수 없다고 맞섰다. A사가 상품을 매입했다는 취지의 세금계산서를 발급받았기 때문에 가공세금계산서에 해당한다고 주장했다.

법원은 A사와 B·C사와의 거래가 가공거래가 아니라고 판단했다. A사가 B·C사와 거래한 내역이 존재해 가공세금계산서로 볼 수 없다는 이유이다.

재판부는 "A사는 거래 상대방이 위장사업자인지 조사할 의무가 없다"며 "거래 당시 정상적으로 사업자등록이 된 B·C사에 대해 선의, 무과실 상태였다"고 설명했다.

D사와의 거래에 대해선 "실제 재화의 인도시기보다 다소 일찍 세금계산서를 발급했던 것으로 보일 뿐 부가세를 포탈하기 위한 목적은 확인되지 않는다"며 과소신고가산세 10%만 적용한 금액인 7465만원을 정당세액으로 인정하고, 이를 초과하는 부분은 취소돼야 한다고 밝혔다.